Az 1867-es osztrák-magyar kiegyezéssel a magyarországi bánya- és kohóipar s vele a bányász-kohász felsőoktatás 1848/49 után ismét a magyar állam irányítása alá került. Az akadémia felügyeletét ellátó pénzügyminisztérium mind a megfelelő anyagi eszközök biztosításával, mind az oktatás átszervezésével lehetővé tette az intézmény korszerűsítését. Az erdészeti oktatás szakmai felügyeletét a magyar Földművelésügyi Minisztérium látta el. Az akadémia fél évszázados magyar állami intézménykénti működése alatt második virágkorát élte. Természetesen, szakmai-tudományos hatóköre nem közelíthette meg a 18. századi nemzetközi méretet, de az országon belül, az ország érdekében - a hazai műszaki szaknyelv, szakirodalom és tudományos élet kialakításával - kifejtett tevékenysége meghatványozódott. Professzorai és hallgatói vezető szerepet vállaltak a szakmai egyesületek megteremtésében (Országos Erdészeti Egyesület, Magyar Mérnök- és Építész- Egylet bányászati-kohászati szakosztálya, Országos Magyar Bányászati és Kohászati Egyesület), a szakfolyóiratok megalapításában és fönntartásában (Erdészeti Lapok, Bányászati és Kohászati Lapok stb.), magyar szakkönyvek megírásában, a hazai ipar átszervezésében és technikai-technológiai korszerűsítésében stb.

A magyar oktatási nyelv 1868-72 közötti fokozatos bevezetésével egyidejűleg megkezdődik az oktatás gyökeres átszervezése. Az akadémia szervezetileg teljesen különválik a bányaigazgatóságtól, s tantestülete által választott igazgató vezetése alá kerül. Az egy évszázad óta egységes ún. "bányász"-képzés négy szakra -bányászati, fémhohászati, vaskohászati és gépészeti-építészeti szakra- válik szét. A szakosodással lehetőség nyílik a négyéves oktatási idő három évre csökkentésére.

Az erdészoktatás általános erdészeti és erdőmérnöki szakokra válik, három-, illetve négyéves képzéssel. 1872-ben bevezetik a kétéves üzemi gyakorlat utáni államvizsgát s a végzettek nem tanulmányaik folytatásáról szóló végbizonyítványt, hanem szakképzettséget tanúsító oklevelet, diplomát kapnak. Rendszeressé válnak a hallgatók bel- és külföldi szakmai tanulmányútjai. A tanszékek száma tizenötre emelkedik: tizenkét bányász-kohász és három erdész tanszékre. A század végén megkezdődnek a nagy építési beruházások: 1892-ben az erdészeti, 1900-ban a bányászati tanulmányi "palotát" adják át.

Az akadémia rövid néhány év alatt a magyar műszaki tudomány alkotóműhelyévé vált. Oktatói lelkes munkával leküzdik a nyelvi nehézségeket; megteremtik a magyar bányászati, kohászati és erdészeti szaknyelv alapjait. Sorra jelentetik meg a szakszótárakat és szakszógyűjteményeket, majd a magyar nyelven megírt alapvető szakmunkákat. Így jelennek meg Kerpely Antal vaskohászattana, Herrmann Emil műszaki mechanikai művei, Cséti Ottó bánya- és földméréstana, Litschauer Lajos bányaműveléstana, Faller Károly fémkohászattana, Sóltz Vilmos, Farbaky István és Schenek István tanulmányai. Az erdészeti szakirodalom megteremtésében Wagner Károly, Illés Nándor, Fekete Lajos, Sóltz Gyula, Sobó ]enő, Szécsi Zsigmond járt élen.

A Magyar Tudományos Akadémia munkájába is bekapcsolódnak az akadémia professzorai: báró Mednyánszky Dénes főkamaragróf, akadémiai igazgató, Kerpely Antal, Schenek István és Mágócsy-Dietz Sándor. A nemzetközi tudományos életben elsősorban Kerpely Antal, Hermann Emil és Schenek István neve fémjelzi az akadémiát.