Az akadémia háromnegyed évszázados szervezetének és oktatási rendjének megváltoztatására irányuló javaslatokat nyolcesztendei várakozás után, 1846. október 6-án szentesítette az uralkodó. Az új működési rend mind az intézmény szervezetében, mind pedig az oktatás tartalmi vonatkozásaiban alapvető változásokat hozott. Az oktatásban alapvető módosítást jelentett, hogy az eddig három elméleti évfolyamról négyre emelkedett a tanulmányi idő a bányász-kohász hallgatók részére, az erdészképzés időtartama pedig az addigi két évről háromra nőtt.

1848/49-ben az akadémia a magyar vallás- és közoktatási minisztérium felügyelete alá kerül. Kísérlet történik a magyar oktatási nyelv bevezetésére, az addigi német helyett. Erre azonban a magyar szakirodalom és szaknyelv hiányában nem kerülhet sor. Báró Eötvös József miniszter felkérésére az akadémia tanári testülete javaslatot dolgoz ki egységes műszaki és gazdasági tanintézet fölállítására, melynek része lett volna a bányász-kohász és erdész szakképzés is.

Az ausztriai és a cseh-morvaországi hallgatók nemzeti ellentéte miatt, a Selmecet elhagyó 130 nem magyarországi honos tanuló részére Leobenben és Pribramban szerveznek a bécsi kormányszervek tanintézeteket, melyeket 1861-ben, illetve 1865-ben akadémiai rangra is emelnek. Ezzel megszűnt a selmeci akadémia birodalmon belüli egyedülállósága. Az alma mater szakmai kisugárzása egyre inkább Magyarországra korlátozódik.

A két évtized alatt az akadémia legjelentősebb szakmai eredménye, hogy új magyar geológusnemzedéket bocsátott szárnyára a Pettkó János vezette tanszék. A magyar földtan első klasszikus korának vezéralakjai -Szabó József, Hantken Miksa, Böckh János, Pávai Vajna Elek, Gesell Sándor, Cseh Lajos stb. - a selmeci akadémiáról indultak, hogy megkezdjék Magyarország földtani feltárásának munkáját.

Az akadémia professzorai közül Pettkó Jánost a magyar, Doppler Christiant és Russegger Josef főkamaragrófot az osztrák tudományos akadémia választja tagjai sorába. A kibontakozó hazai műszaki-tudományos élet reprezentánsaiként a Selmecen végzett bánya-kohómérnökök és erdészek sorát választják be a magyar, illetve az osztrák tudományos akadémiára: Szentkirályi Zsigmond, Kováts Lajos, Szabó József, Hantken Miksa, Divald Adolf, Hauer Ferenc, Zsigmondy Vilmos, Böckh János, Péch Antal, Bedő Albert, illetve Löwe Alexander, Fuchs Vilmos, Koristka Karel.

Az akadémia mellett működő Akadémiai Magyar Olvasókör tagjai, Pettkó János elnökletével állítják össze az első német-magyar bányászati-kohászati szótárt 1844-ben, melyet Szabó József 1848-ban ad ki nyomtatásban. A Bányászati szófüzér címet viselő unikális kéziratot a Selmeci Műemlékkönyvtár őrzi Miskolcon. Wagner Károly professzor Divald Adolffal állítja össze és adja ki az első magyar-német erdészeti műszótárt 1868-ban.